En el Perú vienen consolidándose en diferentes territorios de la Amazonía, iniciativas denominadas Gobiernos Territoriales Autónomos, como propuesta de los pueblos indígenas para fortalecer la gestión de sus territorios. En un reciente artículo, la Asociación Interétnica de Desarrollo de la Selva Peruana (AIDESEP) señaló que estos procesos no representan una desintegración del Estado, ni mucho menos una iniciativa separatista. Por el contrario, buscan ejercer sus derechos de manera plena para enfrentar las amenazas actuales, y en ese contexto lograr una coordinación eficaz e intercultural con el Estado peruano.
